Руководитель направления «Нанобиомедицина» университета «Сириус», заведующий лабораторией МФТИ Максим Никитин открыл механизм «молекулярной коммутации» ДНК, который меняет представления в биологии. Результаты исследования опубликованы в одном из самых авторитетных научных журналов Nature Chemistry.
Открытый фундаментальный феномен может быть ключом к познанию тайн генетики, сложных заболеваний, мгновенной памяти и старения до вопросов возникновения жизни на Земле и ее эволюции. Кроме того, позволит качественно улучшить специфичность генной терапии и безопасность ДНК/РНК-вакцин за счет выявления и снижения побочных реакций на препараты во время лечения.
Более 70 лет считалось, что ДНК хранит и обрабатывает информацию за счет структуры двойной спирали — однозначно соответствующих друг другу (комплементарных) молекулярных цепей. Никитин экспериментально доказал, что для эффективной обработки генетической информации ДНК совершенно не обязательно образовывать двойную спираль. ДНК может хранить и передавать информацию за счет слабоаффинных взаимодействий, реализующихся в том случае, когда молекулы имеют низкое «сродство» друг к другу. Более того, он показал, что так называемая короткая ДНК, даже максимально некомплементарная гену, может регулировать его работу.
Максим Никитин заметил, что в смеси, состоящей из коротких одноцепочечных и некомплементарных друг другу олигонуклеотидов, одновременно будут сосуществовать самые различные их комплексы. Варианты этих взаимодействий определяются «сродством» молекул и в общем случае описываются открытым еще в XIX веке законом действующих масс о зависимости скорости реакции от концентрации участвующих веществ. Такие комплексы будут связаны друг с другом и будут передавать информацию между собой, даже если какие-то два олигонуклеотида не связываются друг с другом напрямую.
Например, в самой простой системе из трех олигонуклеотидов — Х, А и В: если А и В не взаимодействуют друг с другом, они все равно могут передать друг другу информацию через посредника — «коммутатор» Х. При этом каждому из них достаточно взаимодействовать с Х очень слабо: увеличение концентрации А приведет к росту количества комплексов ХА, что снизит число комплексов ХВ, хотя А никак не взаимодействовало с В напрямую. Если же в системе находится большее количество олигонуклеотидов, то можно добиться передачи значительного объема информации.
Для того чтобы доказать, что ДНК может образовывать наборы молекул с практически любыми наперед заданными взаимными аффинностями, в своей статье Максим Никитин показывает экспериментальную реализацию большого разнообразия систем, которые по-разному обрабатывают информацию, начиная с систем, включающих всего три суперкоротких олигонуклеотида длиной в семь азотистых оснований, до ячеек памяти, систем вычисления квадратного корня и др. При этом компьютерное моделирование явления коммутации продемонстрировало устойчивую обработку информации и системой, состоящей из 1 000 олигонуклеотидов. Это позволяет создать 572-битную ячейку обработки информации, что превосходит битность всех существующих электронных компьютеров. Примечательно, что предложенная Никитиным модель концептуально вообще не имеет ограничения по числу взаимодействующих таким образом олигонуклеотидов.
Кроме того, открытое Никитиным явление позволило ему экспериментально показать и другой удивительный, не укладывающийся в современную парадигму молекулярной биологии факт: любая неструктурированная одноцепочечная ДНК может специфично регулировать экспрессию заданного гена безотносительно их взаимной комплементарности. Все зависит от наличия в среде или организме других олигонуклеотидов (также некомплементарных).
Открытый фундаментальный феномен коммутации цепей ДНК имеет важное практическое значение. Он может улучшить специфичность генной терапии и безопасность ДНК/РНК-вакцин за счет выявления и снижения побочных (нецелевых) действий вводимых препаратов. Для этого требуется, конечно, создание программного обеспечения нового поколения, более точно предсказывающего слабоаффинное взаимодействие нуклеиновых кислот, а также анализирующего их вовлечение в различные естественные процессы, принимая во внимание механизм молекулярной коммутации. Но в итоге все это поможет минимизировать риски негативных последствий нецелевого редактирования генома пациента и снизить число нежелательных явлений в процессе лечения.
RaptorAnton21.01.202316:23ссылка
PortoMalum21.01.202316:41ссылкаПеребрав все известные химические элементы и различные способы их смешения, команда ученых выделила почти три сотни химических реакций, способных зародить жизнь на экзопланетах. Причем условия в этих мирах совершенно не обязаны быть хоть сколько-то похожими на земные. Новая работа позволит значительно увеличить количество экзопланет, теоретически пригодных для неизвестной нам жизни, а значит, и расширит область ее поисков.
Жизнь на далекой экзопланете — если она там существует — может быть совсем не похожа на ту, к которой мы привыкли на Земле. К тому же, учитывая широкий набор известных нам химических элементов и огромное разнообразие планет во Вселенной и условий на них, будет большим упущением искать жизнь лишь на так называемых землеподобных планетах. Похожим образом думает группа ученых из США и Австралии, решившая определить, какие процессы могли бы привести к появлению жизни в других мирах, существующих в широком диапазоне геохимических и космохимических условий, некоторые из которых существенно отличаются от условий современной Земли.
«Происхождение жизни, по сути, представляет собой процесс возникновения „чего-то из ничего“. Но это „что-то“ не может появиться только один раз. Жизнь сводится к химии и условиям, которые могут генерировать самовоспроизводящуюся модель реакций», — пояснил Бетюль Качар (Betül Kaçar), астробиолог, профессор бактериологии из Университета Вашингтона в Мэдисоне (США) и соавтор исследования.
Тем самым для возникновения жизни в условиях любой планеты должна существовать постоянно воспроизводящаяся относительно простая химическая реакция, продукты которой сами ускоряют эту реакцию. В химии такие реакции называются автокаталитическими. По сути, размножение и рост (то есть деление клеток) живых организмов и есть сложная автокаталитическая реакция. Так, пара особей одного вида, размножаясь, создает новые особи, тоже способные к размножению и ускоряющие эту «реакцию».
Учитывая сходство динамического поведения живых и чисто химических автокаталитических систем, ученые пришли к выводу, что в появлении жизни решающую роль играли одна или несколько простых автокаталитических реакций. Авторы нового исследования решили собрать наиболее полный список таких реакций, найдя 270 вариантов, большинство из которых не включает органические соединения (то есть соединения углерода). Полный список реакций, методы анализа и подробные выводы ученые привели в статье, опубликованной в журнале Journal of the American Chemical Society.
В найденных автокаталитических реакциях участвуют все 18 групп элементов периодической таблицы, включая лантаноиды, актиноиды и даже такие радиоактивные элементы, как торий и уран. При этом условия (температура, давление, кислотность среды и так далее), в которых должны проходить эти реакции, значительно различаются.
Таким образом, анализ существенно увеличил количество вариантов условий на экзопланетах, в которых между простыми химическими соединениями могут самопроизвольно начаться самоподдерживающиеся химические реакции, способные дать начало простейшей жизни.
Остается лишь подобрать для конкретной планеты с конкретными условиями нужную реакцию и попытаться найти молекулы реагентов либо продуктов в ее атмосфере. С другой стороны, авторы исследования отметили, что для некоторых автокаталитических систем требуется эффективное пространственное или временное разделение реагентов и продуктов, позволяющее одновременно протекать основным и вспомогательным реакциям. Это отчасти объясняет, почему природные автокаталитические системы наблюдаются нечасто.
Статья спизжена отсюда
«Обеспечьте 10 процентов, и капитал согласен на всякое применение, при 20 процентах он становится оживлённым, при 50 процентах положительно готов сломать себе голову, при 100 процентах он попирает все человеческие законы, при 300 процентах нет такого преступления, на которое он не рискнул бы, хотя бы под страхом виселицы.»
Томас Джозеф Даннинг
Привет, котаны! В современной истории у меня есть две любимые темы: леваки и техногенка. Леваков было уже два поста, так что соблюдаем баланс.
Чем примечательны техногенные катастрофы второй половины ХХ века? А примечательны и интересны они тем, что к этому времени в мире уже худо-бедно формируется культура производства и техника безопасности, так что одного валенка на пульте для ликвидации Австралии уже недостаточно. По идее. В теории. Практика же полна сюрпризов...
Джеймс Ризон в 1990 году ввел довольно наглядную концепцию «швейцарского сыра», которую ещё называют эффектом кумулятивного действия. Суть ясна из картинки, любая многоуровневая система безопасности может оказаться беспомощна при накоплении и совпадении череды различных ошибок. Любая техногенка – это как раз история о том, как выстрелить себе в ногу из сломанного, незаряженного ружья со связанными за спиной руками.
Итак, картина маслом: некая американская компания строит химический завод. Поскольку строить его дома хлопотно – куча бумажек, разрешений, допусков, проверок (производство-то вредное) – компания строит его в стране третьего мира (кто сейчас сказал «неоколониализм»?). Этим убивается куча проблем: разрешение получить проще, земля дешевле, рабочая сила стоит копейки, откаты чиновникам тоже невелики – голытьба-с, что с них взять. Отличный план, надёжный как швейцарские часы. Что же может пойти не так?
Те, кто в теме, уже хмыкнули «М-м-м, Бхопал!». Кто не в теме – следите за руками.
•Дырка два: увольняем инженера по контролю за заслонками. Оптимизация, денег нет, но вы держитесь и т.д.
• Дырка три: из-за отсутствия контроля в цистерну с МИЦ попадает вода.
•Дырка четыре: датчик давления в цистерне самооптимизировался из-за износа и отсутствия должного контроля.
•Дырка пять: операторы в диспечерской забивают болт на непонятные показания манометра (дешевая рабочая сила – она такая, да).
•Дырка шесть: после того, как давлением у цистерны вышибает предохранительный клапан и МИЦ начинает утекать на волю не срабатывает НИ ОДНА из предохранительных систем. Износ оборудования, ничего личного.
•Дырка семь: весь вышеописанный треш происходит глубокой ночью, и люди мирно спят по домам. Около трёх тысяч из них утра не увидят...
Дальше можно было бы описать происходившее в городе, но я не люблю «кровькишки», так что ограничусь одной фотографией и цифрами: 3к трупов в ту ночь, 15к в общем, 150—600к пострадавших (ослепших, обожженных, искалеченных). 470 мегабаксов компенсации, два года и 2100 долларов штрафа виновникам на местах. Владельцы Union Carbide наказания не понесли.
Это был 1984 год и с вами была самая крупная техногенка в истории – Бхопальская катастрофа. И, как и любая техногненка, она в очередной раз демонстрирует миру, что идеальной защиты от дурака не существует, и что построил один человек – другой завсегда сможет сломать. Такие дела.
__________________________
Автор: Даниил Ли
 | nashi5364Подписчиков: +231 |
 | аниМемыПодписчиков: +73 |
 | mr_plagu3Подписчиков: +42 |
 | DarbarnirПодписчиков: +21 |
 | эльфийка и мужик (merrivius)Подписчиков: +20 |
 | sincosПодписчиков: +154 |
 | VIZAZПодписчиков: +117 |
 | QuantumHeadAIПодписчиков: +96 |
 | madaotheoryПодписчиков: +94 |
 | Anime Ero DFCПодписчиков: +85 |
Отличный комментарий!