В Х-XIII вв. енисейские кыргызы снова почти выпали из поля зрения историков соседних цивилизаций. Китайские и мусульманские летописцы сообщают скудные сведения о положении дел на Среднем и Верхнем Енисее. Эти, а также археологические данные говорят о том, что кыргызы (древние хакасы) расселились в Туву, но постепенно были вытеснены оттуда другими кочевниками. Замкнувшись снова в пределах Минусинской котловины, они, тем не менее, сохраняли господство над окрестными разрозненными племенами Саян, Кузнецкого Алатау – предками северных алтайцев, шорцев, чулымцев, части хакасов. Многочисленные хорошо вооружённые дружины князей собирали алман (дань) шкурами, ремесленными изделиями. От Х-XI вв. дошло множество поминальных стел енисейских кыргызов с руническими надписями – эпитафиями. Как правило, они кратки, и варьируют в них лишь имена, возраст и порядок упоминания жён, детей, князей, личных достижений умершего. Но в XI в. руны – реликт тюркского влияния, выходит их употребления. В это время кыргызская культура несколько изменяется под воздействием внутренних процессов и влиянием культуры гегемона востока Евразии в X-XI вв. – киданьской империи Ляо в Северном Китае. В археологии культура древних хакасов этого периода известна под названием аскизской. В начале XIII в. енисейские кыргызы были быстро покорены Джучи-хаганом – сыном Чингис-хагана. Последующие века истории кыргызов неизвестны до 17 века.
