Главный герой, Курьер, ловит радиосигнал о показе старых фильмов в открытом кинотеатре в пустыне Мохаве. Придя на место, он обнаруживает разбившийся спутник, который транслирует зашифрованное послание. Во время осмотра спутника герой теряет сознание, и его похищают безумные учёные из научного комплекса «Большая Гора», которые вырезают у него сердце, мозг и позвоночник, заменив всё это искусственными имплантатами. Однако, в отличие от других лоботомированных, Курьер не теряет рассудок, что наводит учёных на мысль использовать его в борьбе со зловещим доктором Мёбиусом, который перекрыл все выходы из комплекса и похитил мозг Курьера. Чтобы вернуть свой мозг и выбраться из комплекса, Курьер вынужден следовать указаниям доктора Клейна. Помимо основного сюжетного квеста, герой может пройти квесты по поиску продвинутого энергетического оружия и стелс-брони.