Не моё, но:
Всем кто смотрел NGE, The End of Evangelion и 3 фильма ребилда читать!

Есть первый Таймлайн (Т1) - NGE и EnE. В конце Т1 Синдзи переделывает мир под себя (создает второй Таймлайн), где он жил и рос так же как в T1, но который был фактически и ребутом и продолжением прошлого Таймлайна. (Моря крови, более разрушенная Земля, запачканная Белая Луна.) Но здесь Второй Удар был вызван не Адамом, а Евой-01 из Таймлайна1, где Удар был третьим по счету. Но о существовании T1 никто не знает, поэтому думают, что удар Второй. В конце Второго Ребилда Синдзи таки умирает, убитый Каору копьем. На том моменте видно, что копье пронзает Еву насквозь, причем прямо в месте контакт-капсулы. Умерев, сознание Синдзи переносится к первоначальному Синдзи из EnE. По скольку Синдзи покинул Таймлайн 1 ради Таймайна 2, который потом также был покинут в связи со смертью, образовался парадокс, в котором оба Таймлайна слились в один и образовали Т3. Это объясняет и вид Аски из T1, и Мари из Т2. Как и другие мелочи, например пулевые отверстия на стенах Нерва, старые и новые логотипы Нерва, Черную Луну на орбите, остатки Гигантской Рэй на Земле, кресты... А теперь самое интересное. То, что в этом мире два Копья - Кассия и Лонгиния. Кассий Лонгиний это полное имя центуриона, вонзившего копье в Иисуса. Фактически копье Кассия и есть копье Лонгиния и наоборот. Владелец один и назвать их можно как угодно. Но почему их два? В результате наслоения Таймлайнов в этом мире, существует одно и тоже копье из Т1 и Т2. Поэтому увидев два одинаковых копья, Каору это понял.

Еву 01 вернули из космоса, куда она и улетела в Т1. В EnE Синдзи оказался на Земле. С чего было решено, что Синдзи извлекли из Евы? Еву возвращали чтобы запилить
мега-корабль. Должно было пройти время, пока его строили. Но Синдзи очнулся уже на построенном корабле! Найти его они могли где угодно. Винят и ненавидят его все за Удар, который он совершил не в Т2 (где его остановил Каору, а в Т1.) Но опять же, никто не знает что были какие-то другие Таймлайны, кроме Синдзи. Его сознание, вместе с опытом и воспоминаниями перенеслось в этот новый Таймлайн.