В недалеком будущем, море внезапно поднялось и поглотило большую часть земной цивилизации. Икаруга Нацуки несколькими годами ранее потерял ногу и мать, и всё что у него сейчас есть - это старый корабль, подводная лодка, заброшенное имение и долги, оставленные ему бабушкой. Вместе с загадочной взыскательницей долгов Кэтрин они отправляются на поиски затонувших руин лаборатории его бабушки, но то что они там находят, не укладывается в их голове.